Hatta belli bir dönemde mesele din-bilim ayrışmasına kadar uzanmıştır. “Metafizik bilim olamaz” teziyle ortaya çıkan Dekart (Descartes), bilginin ancak ölçülebilir ve bölünebilir nesnelerin incelenmesiyle elde edilebileceğini söyleyip bilimin konusunu sadece maddeyle sınırlamış; daha sonra da Kartezyen (Dekartçı) felsefesinin tâbileri hep aynı istikamette idare-i kelâm etmişlerdir. Dini ve bilimi ayrı iki alan olarak ele almış ve alan ihlali yapılmaması gerektiği üzerinde durmuşlardır. Bu alan ihlali yapılmaması anlayışı kalıptan kalıba girerek zamanla dinin ve devletin sınırlarını belirleme, din işleri ile dünya işlerini birbirinden ayırma ve karşılıklı müdahaleye meydan vermeme düşüncesini ifade eden lâikliğin bir esası olagelmiştir.

Bununla birlikte, lâiklik her toplumda aynı biçimde uygulanmamış; dünyanın değişik yerlerinde farklı şekillerde yorumlanmıştır. Bir yerde uygulanan lâiklik, herkesin vicdan, dini inanç ve kanaat hürriyetini; ibadet, dinî ayin ve törenlere katılma hakkını; düşünce ve kanaatlerini söz, yazı ya da başka yollarla tek başına veya toplu olarak açıklama ve yayma hakkını temin ederken; bazı yerlerde de çok katıca uygulanmış, lâiklik tamamen sekülerizm olarak ele alınmış ve âdeta o sistemin temsilcilerine uymayan dinî hayat yasaklanmış; dinî düşünceleri ve dinî kanaatleri anlatma hakları bütün bütün ihlâl edilmiştir.